¿es como si fueran dos juegos independientes o hay datos que comparten?
Hay varias maneras
1-Para los datos de Linux hago parches diferenciales con lo cual cuando se instala en Linux primero se instala la versión de Windows y después se aplican los parches para convertirlo a Linux (nota: esto también lo haga con algunos de windows que tiene versiones de 32 y 64 bits, curiosamente Fitgirl lo hace de esta manera también)
2-Se crean dos directorios diferentes, cada uno tiene su versión, se empaqueta con compresión 0 usando 7-zip y se le pasa el srep (programa que busca datos redundantes y los elimina)
3-Algunos juegos, en uno o dos, la instalación de Linux se convierten los videos de windows al formato de Linux
4-En otros como el juego PYRE o los de Daelic Studios es solo poner los binarios de esos sistemas
Es decir, cada juego es diferente, pero por norma general los que van con Unity se hacen parches diferenciales, una vez aplicado el juego es igual que la versión de la scene
Para el parcheador uso este programa
Inno.Setup.XDELTA.Patch.Maker.2.3.0.0.zipY aquí una prueba que hice, como veis está todo "documentado"
Primera prueba de parcheadorY no uso xdelta sinó jojodiff, es más lento peró se consigue más compresión